在全面了解病史的基礎上，分清疾病的主次，恰當地進行取穴，可根據相應部位、中醫辨證、耳穴功能和臨床經驗的原則來取穴。

（1）根據相應部位取穴：內臟、肢體、器官等發生病變，在耳郭相應部位有壓痛點（或反應點），可作為取穴的根據。例如胃病取胃穴，踝關節扭傷取踝關節穴等，可用鈍頭探棒查找出壓痛點。

（2）根據中醫理論辨證取穴：根據中醫臟腑學說，肝與膽，心與小腸，腎與膀胱，脾與胃互為表里，因而肝病又取膽穴，心臟病取小腸穴，腸炎取肺穴。根據肝開竅于目，心開竅于舌，脾開竅于口（唇），肺開竅于鼻，腎開竅于耳的中醫理論，因而眼病又取肝穴，中耳炎取腎穴，鼻炎取肺穴。根據肝主筋，心主血，脾主肌肉，肺主皮毛，腎主骨的理論，因而皮膚病又取肺穴，骨科病取腎穴，肌肉病又取脾穴。

（3）根據西醫理論取穴：皮質下穴有調節大腦皮層的功能，因而神經系統的病癥要取皮質下穴，交感穴有調節自主神經的功能，因而內臟病痛要取交感穴，平喘穴有調節呼吸中樞及抗過敏的功能，因而哮喘要取平喘穴。

（4）根據臨床經驗取穴：通過大量臨床實踐，總結了治療疾病的有效耳穴，如眼穴、肝穴、脾穴能治療麥粒腫；神門穴、皮質下穴、熱穴及相應部位（如踝關節扭傷，相應部位的耳穴是踝），能治療扭傷；頸椎穴、頸穴、神門穴、外生殖器穴能治療落枕；枕穴、額穴、枕小神經穴、神門穴、皮質下穴能治療頭痛。